Эта программа представляет собой сочетание редактора, в котором послойно прорисовывается молекула, и системы отображения, которая выводит полученную молекулу на экран, позволяет "покрутить" ее и рассмотреть с разных сторон.
Загрузить можно тут: threedim.zip